中物院名称先后使用过二机部九局、北京第九研究所、二机部第九研究设计院(开始简称九院)、中国人民解放军第九研究院、核工业部第九研究院、核工业第九研究院等。追溯中物院的历史，就不能不提及25年前的那次管理体制调整。为了加强对核武器研制工作的管理，1990年2月26日，国务院、中央军委下发了《关于调整中国工程物理研究院管理体制的通知》，对中国工程物理研究院(原中国核工业总公司第九研究院)的管理体制进行调整。